政协赣州市委员会根据工作需要设立若干专门委员会及其他工作机构。专门委员会是在常务委员会和主席会议领导下，组织委员进行经常性活动的工作机构。各专门委员会设主任一人，副主任、委员若干人。

政协赣州市第三届委员会设立了七个专门委员会。七个专门委员会如下：

1、提案委员会；2、经济委员会；3、人口资源环境委员会; 4、教科文卫体委员会；5、社会法制和民族宗教委员会；6、港澳台侨和外事委员会；7、文史和学习委员会。

以上七个专门委员会各下设一个办公室,均为正科级。

政协赣州市委员会设办公厅，在秘书长领导下进行工作；设副秘书长若干人，协助秘书长进行工作。办公厅下设：秘书处、组织联络处、宣传信息处、行政接待处。